2866年，火星改造计划启动。盖亚政府分两步进行，第一步一部分人移民木卫二，并将木卫二作为气体资源中转基地，第二步则是利用小行星带丰富的资源改造火星。
火星改造计划获得了大多数人的赞同，但是也有人认为这是不切实际的妄想，这些人大多数为神圣母星教会的教徒。最终在大多数人的支持下，火星计划正式启动，而那些不赞成计划的人有些则脱离了政府，带领一部分人往宇宙深处探索，希望找到适合居住的星球。
在长达1100多年的火星改造中，人类先是在火星上建立了36个巨大强化重力阱装置，通过重力场将火星表面重力提升到地球重力，然后在火星表面建立了数万个大型温室核能电站来提升火星温室气体浓度给火星升温。火星温室大气层改造完毕后，人类在火星上洒下初级苔藓类种子，并在大气层中不断注入氮元素，一场巨大的火星暴雨预示了新生，植物从苔藓类慢慢开始发展，逐渐形成火星森林。
4010年，火星改造成功，在太空漂泊了近1200多年仅存的8亿人类进驻火星，经历了长期艰难的太空生存和文明休眠期后，人类在火星开启了一个新的时代，人类通过双手在火星上再次建立了文明，火星文明开始。
4123年，反物质制造与存储技术得到重大突破；核能技术愈发先进。
4128年，一次反物质试验失败使得空间折叠扭曲，科学家却意外得发现了超空间的存在，并利用反物质发明了超空间发生装置，使得空间折跃成为可能。
4141年，量子纠缠编码通讯机的发明成功使得在超远距离实现瞬间通讯成为现实。
4157年，人类利用超空间技术开始宇宙探索，并先后在距离地球42光年、63光年处发现2颗可适合人类居住的类地行星，这两颗行星比火星大，但是比地球略小，重力分别为0.9G和0.85G，无需进行重力改造就能直接移民。行星上拥有大量的液态水和原始植被，星球上的原住民只是一些低等生物，于是人类有史以来最大规模的移民开始了。这两颗行星先后被称为盖亚和泛亚，盖亚政府则搬迁至盖亚星，重新命名为盖亚人类殖民星联邦政府，盖亚星为首都星，每个殖民星均设立星政府实行自治，规定地球计时为星际通用计时，中文为星际通用语言，同时议会通过《神圣母星法案》将地球敬称为神圣母星，并派兵驻守，任何破坏、毁灭地球的行为将受到联邦政府的阻止与惩罚。
截止到4252年，人类已经累计在45个类地行星上实现殖民，人口总数达到300亿，殖民最远范围距地球达1000光年。殖民行星大多分布在银河系猎户臂，少量分布在人马臂。
在殖民过程中，盖亚政府于4177年在猎户臂的远端距离地球80光年处发现了曾经脱离盖亚政府独自探索的人类，他们居住在一颗被称为重生星的类地行星上，并成立了重生星政府。盖亚政府的到来令重生星人大感意外，盖亚政府要求重生星加入联邦，接受联邦统治。重生星政府提出拒绝，并动用战舰驱赶盖亚联邦政府飞船，盖亚政府以人类统一为名利用科技优势一举攻占重生星，重生星政府流亡。
4179年，火星政府探测船在猎户臂，距离地球12光年的一颗拥有高能矿物的行星上发现文明遗留物，经检测，遗留物为矿物挖掘设备，该设备与人类2000年前使用的设备高度相似。
同年，多处高能矿物行星均发现有同类矿物挖掘设备，发现点在空间中呈直线排列，并在一颗不知名星球上发现一架已经高度锈蚀的机器人，经过对该机器人的芯片数据解析，发现竟然是2000多年前那批逃脱的地球叛乱机器人所遗留，遗留时间为250年前。这项发现使得人类再次陷入机器人恐慌。
4181年，人类以机器人遗留物为导向，向机器人逃离方位发送大量探测船，终于在银河中心方向的人马臂编号为Rm号恒星系统，距离地球220光年的一个高能矿物行星上与机器人遭遇，通过俘获的机器人数据得知，机器人逃离地球后，一直往银河系中心飞行，通过在沿途挖掘高能矿物行星来维持能源供应同时复制机器人不断壮大，经过1200年的漂泊，终于在一颗和地球无比相似的蓝色行星上定居，机器人将这颗行星命名为墨星，但是机器人的科技水平仍然处在2000年前的样子。
同年，盖亚联邦政府召开紧急会议，会议通过了必须对机器人采取手段，必要时摧毁全部机器人的决议。
4182年，战争开始。
起初机器人由于科技落后，在人类高性能战舰的攻击下一溃千里，丢失了数十个资源行星。但机器人在战争中俘获部分人类战舰和数据，并通过逆向工程技术复制了人类的科技，并对这些科技进行演化重组。起初科技占优势的人类在进攻过程中顺风顺水，但是在机器人复制人类科技并拥有数量优势后战争逐渐陷入僵局。人类将核心科技包括超空间跳跃技术以及反物质引擎技术等牢牢掌握在手中，而机器人将核能技术发挥到极致。机器人在战舰的制造工艺上要高于人类，这使得机器人战舰机动性能要普遍优于人类战舰。机器人复制了人类战舰的热能武器技术，配合自己的动能武器组成的混合型舰队居然能抵得住人类的攻击。同时，机器人将力场装置改造成舰载超空间抑制阱，在超空间抑制阱作用范围内的人类战舰无法进行空间跳跃。
4219年，人类筹齐10万艘战舰压境，准备一举消灭机器人，在强大武力的攻击下，墨星被攻占，机器人退守后方。
4229年，机器人经过10年的筹划，集齐25万艘战舰潜伏在距墨星800万千米的陨石带，前线部队通过击落百合号舰载机引出人类舰队主力，随后潜伏的25万战舰将人类主力的10万战舰团团围住。“百合凋零”战役以人类惨败而告终，大量优秀军官和士兵战死，机器人乘势一举夺取墨星及数十个被人类占领的资源星。人类自那次战役后一蹶不振，退守距离地球180光年的Rm号恒星系统，并一直处于防守状态。