抓捕徐乾学并不难，锦衣卫指挥使司在抓人方面是有成熟经验的。但毕竟这是个现任的内阁协办大学士，而且尚无明旨治罪，所以还是要讲点技巧。邹树人指示尚之瑛，为了不造成百姓的恐慌，选在申末酉初太阳落山，街上行人稀少的时候，带人先围住徐家，然后再动手。
抓捕过程非常顺利，徐乾学看到是朱和?亲自带队，乖乖地束手就擒。尚之瑛又命手下，将徐家前后各门都贴上封条，禁止一切人等出入，第二天自会有内务府护军前来抄查家产。
朱和?则带队，用一顶小轿将徐乾学送往锦衣卫诏狱关押。
诏狱位于西院的东北角，东面临着宣武门内大街，西面就是锦衣卫指挥使司的衙门，由十五座三间联排的房子组成，也就是说，最多能同时关押四十五个人。这座诏狱是光复京城之后重建的，没有传说中吓人的地牢、刑具房之类，只是每间房子都非常窄小。屋前是一个小院，屋子本身只有一门一窗，都是向着小院开的。门偏左，进门是是个“客厅”，其实只有六尺见方，放着一张桌子和一张凳子，桌上供着一座神龛，神龛里的神像，囚犯可以在佛祖、老君、关帝、耶稣之中选一个。“客厅”右边是“卧室”，与“客厅”一般大小，靠墙放着一张没有帷帐的小床，勉强能睡下一个成年男性，临窗还放着一张小书桌，上面有笔墨和砚台，但想要写字的话，要临时申请纸张。
诏狱里的一日三餐都按时供应，伙食按照百姓的标准，属于中上水平。家属可以递送衣物替换，但不能递送食物。囚犯若是有旧病需日常服药的，必需请太医重新看视之后开方，由诏狱的伙房煎熬送服，家属也不能递送。
总之，住在诏狱里是绝对不会舒服的，虽然不用受刑，但对于平日养尊处优的官员们来说，仍然是度日如年。而从这个时刻开始，徐乾学要在锦衣卫诏狱里住上一段时间了。
军机处下决心抓捕徐乾学，是因为邹树人拿到了一些证据。之前派人暗中监视徐乾学，是想要清查他与王泽弘内外交通。不料不查不知道，一查吓一跳。徐乾学家虽然算不上门庭若市，但在内阁诸臣当中算是一等一的热闹。
据锦衣卫调查，经常出入徐府的人大致有三种，最多的是各种输送利益的，比如外省官员孝敬陋规的，以及花钱跑官的，徐乾学贪名在外，大家也懂得投其所好；第二种是各种官员、文士往来，多数就是江南乡党，也有一些在京赋闲之人，其中自然也包括王泽弘，这些人往往是通过赠送书籍文玩结交徐乾学，打听中枢政务，想收“春江水暖鸭先知”之利；第三种人只有一个，就是湖广总督明珠，他的长子纳兰性德是徐乾学的弟子，两家关系甚为亲近，而明珠身在湖广，最担心的就是中枢有人对他不利，尤其是索额图，所以刻意与徐乾学结交，以为奥援。
军机处的众人对徐乾学的态度非常一致，就是过去看在他舅舅顾炎武的份上，捏着鼻子用他，现在大好机会，正好一举拿下此人。
当然，要拿下徐乾学，手法还要优雅，不能让人觉得朝廷没有规矩。王鼎建议，先将徐乾学贪腐的证据交给都察院，由都察院出面弹劾徐乾学。然后根据内务府护军从徐乾学家抄查出来的文书通信，将他搞内外交通的证据，挑一部分影响力较小的出来，送内阁讨论，至于涉及明珠的部分，则只提纳兰性德为徐乾学刊印《通志堂经解》时有收取大额润笔。
朱和尭对王鼎的意思基本明白，但对为何专门提纳兰性德收取大额润笔之事却不甚理解。王鼎则解释说，徐乾学是阁臣，又以文名着称，“登高而呼，衡文者类无不从而附之”，他若是倒了，明珠自己肯定明白，与徐乾学勾结之事已被朝廷掌握，自然内心不安，他如今执掌湖广大权，难说不会干出什么出格的事来。若是以“收取大额润笔”这样的小事予以惩戒，则等于明白告诉他，朝廷虽然掌握一切证据，但不打算对你下手，以一个较小的罪名敲打你一下就可以了，这样能安抚明珠的心。
王鼎的这个办法确实计算老道。都察院的弹章一出，大批官员纷纷跟进，越是平日与徐乾学有来往的，越是忙不迭地参弹徐乾学，希望脱去自己的干系。而内阁面对徐乾学内外交通的证据，都上疏自劾求免——当然，朱和尭一个都不批准，只是要求内阁认真讨论，拟定徐乾学的罪名和惩罚方式。
内阁之中，以索额图和许三礼对徐乾学的印象最差，都主张以巨额贪腐、内外交通的罪名，将他判个绞监候，然后由皇帝赦免之后流放宁古塔。陈永华、李之芳、夏国相、柯良、许缵曾等五人与徐乾学并无交情，意思意思请求将流放地点从宁古塔改为广西，唯独熊赐履与徐乾学有些来往，难免物伤其类，上疏请求再宽宥一些。
洪诚丘和姜承志都觉得，若是将徐乾学流放宁古塔或者广西，都有点过于打脸顾炎武，对团结那些江南文人学士不利，但因为大家都很讨厌此人，所以都想让徐乾学在诏狱里多“享受”一段时间，于是又让王鼎想办法。最后敲定的方案是：先由都察院向大理寺提交徐乾学贪腐的证据，单独审理贪腐的罪行，等这部分审结之后，再对内外交通的罪名提讼。这样一来，整个过程可能要长达半年，也就是说，徐乾学要在诏狱里“享受”半年时光。等全部罪名审结之后，估计热河那边已经开打了，到时候就可以用“战事紧迫、道路不通”为理由，将徐乾学“暂时”送往勤诚思过皇庄居住，至于“暂时”暂到什么时候，也不会有人天天盯着，就让他在勤诚思过皇庄住上几年，等年满六十五岁之后，再用一纸赦书，将他送回昆山家中养老。
这个方案可以说面面俱到，王鼎还不忘再加一句，行文到南京军机处，请许纬辰安排人前去昆山，将徐乾学的老家也抄查一遍，徐家不但广有田产，还富藏书籍，可以尽量籍没入官。
过了几天，明珠自劾的上疏也送到了京城，上疏中同时还弹劾了自己的儿子性德。不过，性德虽然是康熙时代的进士，但因为向来身体多病，当前并未任官，只是在家休养，所以最后决定对明珠罚俸一季——这几乎就是对官员最轻微的惩罚，性德则“因病免问”。
徐乾学还有两个弟弟徐秉义和徐元文，都是科举进士出身，眼下在外省任官，听说哥哥出事，也上疏求免。军机处商议下来，觉得徐秉义名声也很差，贪名不下其兄，着即免职来京闲居，正好照顾他哥哥的家人。至于徐元文，因为官声尚好，而且把徐家三兄弟一锅端了似乎不太厚道，于是降旨安抚，命仍留原职。
整个案件中，因为行贿或者内外交通被处理的官员和非官员有二十几人，最重的被夺官，最轻的，比如王泽弘，因为已经不是官了，所以降旨申饬之后，遣回原籍居住。实际上，涉案者远远不止这个数，但出于朝局稳定考虑，洪诚丘将大部分人与徐乾学来往证据锁进了一个箱子里，以备将来利用。内阁方面，徐乾学的内阁协办大学士名额出缺，由原任户部尚书陈廷敬补进。