然而，Ex-Aid 的故事真的就这样结束了吗？
就在这时，永梦和帕拉德收到檀黎斗的邀请，参与一场充满挑战的解谜游戏。
在游戏中，永梦和帕拉德化身双人斗士玩家，成功攻略了头目，顺利地通关了游戏。
然而，永梦和帕拉德发现原本关押檀黎斗的电子牢房已经空空如也。
……
在那之后，cR等来一位名叫八乙女纱衣子的再生医疗负责人的协助。
按照她的说法，之前去世的人可以从崩源体那里采集遗传因子复活。
这也就意味着，飞彩的女友小姬也有复活的希望!
然而，飞彩怎么也不会想到……
越狱后的檀黎斗，竟然复活了天崎恋和镜飞彩的女朋友——小姬！
并且，天崎恋还和小姬亲密无比，甚至还刻意在镜飞彩的面前出现!
这是妥妥的杀人诛心啊！
……
假面骑士Ex-Aid世界。
cR电脑急救中心内。
镜飞彩此刻握紧的拳头咯吱作响，内心充满愤怒与震惊。
“檀黎斗！那个混蛋，竟然想要利用小姬吗！”
镜飞彩的声音低沉而充满杀意。
视频继续播放，花家大我的身影出现。
他通过偷听永梦等人的对话，推断出事情的幕后黑手正是檀黎斗！
而复活的天崎恋和小姬的存活时间，被限定在次日零点。
如果天崎恋无法变成完全体，那么他们将会一同消失！
在那之后，揭露出花家大我在过去的两年里，不断使用编年史卡带，试图获得克洛诺斯的力量。
这让他感染了病毒，而他的目的竟是用这份力量，复活镜飞彩的女友！
镜飞彩愣住了，他瞪大了眼睛，脸上写满了难以置信。
“无证医生，你这家伙……”
镜飞彩的声音有些哽咽，心中涌起一股复杂的情感。
九条贵利矢挠了挠头。
“嘛，这就是那个家伙的性格了，恐怕他觉得飞彩你是为了救他，所以才放弃小姬，所以感到愧疚吧？”
镜飞彩闭上双眼，握紧的双拳微微颤抖。
“明明那是我自己的选择啊，无证医生，你这个蠢货！”
此刻的诊所内，西马妮可看着身旁的花家大我。
“大我，你果然是这个世界上首屈一指的笨蛋呢。”
花家大我白了她一眼。
“啰嗦，我只是在做我该做的事情罢了！”
“即使要牺牲你自己？”
“即使要牺牲我自己。”
……
虽然最后在大我和镜飞彩的努力下，天崎恋变身的崩源体被打败。
但小姬最终也在和飞彩和解后，消失不见。
而这并不是结束，大我在战斗之中将编年史卡带不慎遗失，而这张卡带，最终落到檀黎斗手里！
并且，先前协助cR的再生治疗的负责人八乙女纱衣子，是檀黎斗安插在医院的人！
为了进行下一步计划，檀黎斗必须用到已经变身过克洛诺斯的编年史卡带。
画面一转，出现的，竟然是双目紧闭的檀正宗！
……
这一画面让不少观众都吓了一跳。
“这，这是什么情况?”
“檀正宗诈尸？”
“那家伙不是应该已经死了吗？”
“死了，但没完全死？檀正宗的数据应该也被保存下来，所以严格来说他还没有死。”
“不愧是檀黎斗的爹啊，这命也和他儿子一样硬啊！”
“不是，难道檀黎斗准备复活他爹？”
“檀黎斗不是恨死他爹了？亲手把他爹愉悦送走不是很高兴吗？怎么这会要复活了？”
“为了得到克洛诺斯的卡带，就要把檀正宗给复活？现在檀黎斗只剩一条命了吧？正面对上克洛诺斯会被爆杀吧？”
……
八乙女纱衣子和檀黎斗合作，目的是为了复活自己的父亲。
也就是从永梦的身体里分离出帕拉德的财前美智彦！
八乙女纱衣子在cR众人不知情的情况下，从复活的檀正宗体内分离出黑帕拉德，并且通过委托永梦进行培养，让黑帕拉德得到无与伦比的强大力量!
得知黑帕拉德真面目的永梦被枪击重伤入院，无法前去阻止檀黎斗两人的阴谋。
poppy pipopapo也被绑架。
据纱衣子所说，只要有黑帕拉德无敌玩家的力量，再加上poppy pipopapo体内檀黎斗母亲的基因，就能复活檀黎斗的身体！
……
画面一转，来到一处地下室内。
被捆绑在柱子上的檀正宗，正怒视着眼前的檀黎斗。
毫无疑问，这对父子正在进行一场掏心掏肺的对话。
\"我......真是愚蠢至极。\"
檀正宗紧握的拳头微微颤抖着，他抬起头，闭上眼睛深深地吸了口气。
“我犯下了不可饶恕的罪孽……”
檀正宗的语气充满了悔恨和自责，仿佛在向一个无形的神父倾诉自己的罪行，希望得到神明的宽恕。
这些话语无疑是发自内心的，没有丝毫虚伪或掩饰。
看着忏悔的檀正宗，檀黎斗感到有些惊讶。
“终于认罪了啊，你可没资格成为容纳我神之才能的容器，啊哈哈哈哈！”
然而，檀正宗却嘲弄似地笑了起来。
“并非如此！”
檀正宗的笑声中带着一丝苦涩和无奈。
“这并不是我的罪过！真正的罪过是将你带到这个世界上来！”
檀黎斗的脸色变得极为阴沉。
檀正宗继续说道。
“黎斗啊，你本不该诞生于这个世界之上！”
……
檀正宗的话让观众们忍不住了。
“这是恼羞成怒，还是真情流露?”
“自从他利用自己的儿子开始，这个家伙就已经失去了身为父亲的资格。”
“如果他不是一个屑到极点的父亲，没准檀黎斗也不会走上极端的道路。”
“檀正宗，我要你死一万遍呀！”
……
与此同时，poppy pipopapo和帕拉德同黑帕拉德，以及纱衣子召唤的怪物战斗着。
虽然永梦这个无敌玩家被封号，但他也用心灵感应鼓舞了帕拉德。
最终帕拉德成功打败黑帕拉德，而poppy pipopapo也表明了自己的信念。
虽然她是崩源体，但是只要能夺回那些消失的生命，无论什么事情都会做。
然而，她是不会屈服于差别对待生命的八乙女纱衣子的。
二人合作，最终粉碎了八乙女纱衣子的阴谋。
可是，故事并没有就此迎来终结。
……
假面骑士Ex-Aid世界。
此刻，檀正宗的脸色变得极其难看，仿佛能滴出血来。
他怎么也想不到，自己竟然会被亲生儿子五花大绑地捆在地下室里，这无疑是对他作为父亲权威的严重挑战。
“黎斗，无论你打算干什么，我都绝对不会让你得逞的。”
檀正宗深深地吸了口气，眼中闪过一丝寒芒，声音冰冷地说道。
“你是我的儿子，而我则是你的父亲！”
“幻梦集团是属于我的东西，你的才华也只能为我所用！”
“不管怎样，我都绝不会让你逃脱我的掌心！”
在见识到檀黎斗那令人惊叹的才能之后，檀正宗更加深刻地认识到，自己这个儿子究竟有多么可怕。
此时，在檀黎斗的秘密基地内。
檀黎斗稳稳地坐在椅子上，发出一声冷哼。
此刻，他的心情异常烦闷，仿佛有一团怒火在心中燃烧。
“我的罪孽就是生下了你。”
檀黎斗对于父亲的感情非常复杂，他知道这个男人利用自己，并对此感到无比痛恨。
可却怎么也绕不过檀正宗是父亲这个事实。
“是啊，如果你没有把我生育出来，这一切就不会发生了吧，呵呵……”
檀黎斗自嘲似的笑了笑，但很快他就恢复了以往模样。
“尽管懊悔吧，檀正宗！”
“既然让身为卡密的我降临在这个世界上，那么整个世界都会在我的才能下颤抖！”
“没错！檀正宗！你才是这个世界最大的罪人！啊哈哈哈！”
檀黎斗的笑声回荡在空气中，带着无尽的嘲讽和得意。
……
画面一转，来到一处星空之下。
夜幕降临，星光璀璨，檀黎斗置身于星空之下，张开双臂，脸上洋溢着自信。
“和宇宙的真理相比，我的成就还微不足道！我的才能正在接受考验！宇宙啊，你的挑战，我接受了！”
此时，一首优雅的音乐响起，檀黎斗手持指挥杖，一步一个台阶地从楼梯上走下来，仿佛他就是舞台中央的主角。
“男人和女人相遇，然后分别，真是个符合悲伤爱情故事的曲子！”
随着他将手中的指挥杖抛出，唱片机的声音戛然而止。
“诸位假面骑士，我们正站在，掀起世界历史革命的瞬间！等着瞧吧，我那没有极限的，神之才能！”
镜头切换至九条贵利矢，他正静静地站在一座墓碑前，表情庄重而肃穆。
他轻轻地抚摸着墓碑，仿佛在感受着好友的存在。
“虽然花了不少时间，但我们已经研究出了针对崩源体的特效药品。”
接着，他微微低下头，语气诚恳地说。
“即便如此，我也没奢求得到你的原谅，从这以后我已经决定好要做什么。”
注视眼前的墓碑，九条贵利矢眼里满是坚决。
“我会再来看你的。”
失魂落魄的八乙女纱衣子走在马路上。
“接下来，只要能够挽救因为感染游戏病而成为消亡者的人们！”
被困在地下室的檀正宗正在不断挣扎。
“如果不去阻止我的儿子的话！”
……
回到医院，九条贵利矢询问同事后得知，八乙女纱衣子依旧没有回来上班，而且已经失踪好几天。
正当九条贵利矢思索着八乙女纱衣子可能去的地方时，突然听到外面传来一阵凄惨的叫声，他急忙跑到窗边，向外张望。
只见医院外的街道上一片混乱，许多市民惊恐万分地四处逃窜，其中还包括一些医护人员。
九条贵利矢越过人群向后望去，发现追逐他们的竟然是Genm！
Genm手持故障驱动器，不断释放出绿色的光芒，凡是被这道光芒照射到的人，都在瞬间变成崩源体！
随着Genm的大规模感染，越来越多无辜的人被转化成了丧尸。
这些丧尸失去理智，无差别地向未被感染的人群发起攻击。
一时间，街道上充满了凄厉的惨叫声和惊恐的呼喊声。
九条贵利矢见状，迅速赶到现场，大声呵斥眼前的Genm。
“喂喂，这样做可太过分了啊，卡密！你到底要干什么？”
可眼前的Genm就像是没听到贵利矢的话，扭动着身体向他扑来！
九条贵利矢变身成Lazer，几个回合就将Genm放倒在地!
可是，看着Genm的骑士槽，Lazer也是愣了一下，这家伙根本就没有骑士槽!
与此同时，紧急播出的新闻在街头大屏幕上播出。
“紧急新闻！目前在首都内出现大量假面骑士Genm！这与震惊世界的《假面骑士编年史》开发者，现逃亡的檀黎斗变身的外形特征基本一致！”
病床上的永梦得知这条新闻，支撑着身体想要下床，然而伤口撕裂般的疼痛让他无法动弹！
凭他现在的身体，根本无法参加战斗！
“大量出现的Genm在各地无差别地攻击人群，城市已经陷入恐慌之中！”
“根据卫生省最新公告，被袭击的人会感染新型崩源体病毒，会变成和丧尸一样袭击人类！”
“请大家尽量减少外出，室内的市民们也请到安全地方避难！请远离人多地方，防止传播感染！”
画面中，不断出现丧尸们袭击人们，将他们感染成同类的画面！
……
看到这一幕，观众们都懵圈了。
“到底在搞什么啊，檀黎斗那家伙！”
“真的要在世界各地上演丧尸危机？”
“这就是他说的掀起世界的革命？”
“檀黎斗，又一次展现出极强的搞事能力！”
“那家伙，到底在打什么鬼主意？”
……
镜头一转。
突然出现的檀黎斗，向众人宣告了这副惨状的缘由！
“在下檀黎斗神，来给你们做游戏导航吧？”
“这个游戏是和不死丧尸战斗的恐怖求生游戏，其名——《丧尸编年史》！”