在城市的阴影之下，夜袭队的训练室里，气氛压抑得如同暴风雨前的宁静。孤门一辉，这位新加入夜袭队的成员，正承受着副队长西条凪高强度的训练。
西条凪眼神犀利，她坚信孤门一辉远未做好应对残酷战斗的准备。他那犹犹豫豫的性格，在西条凪看来，是战斗中的大忌。在这个充满危险与未知的世界，异生兽随时可能出没，每一个决定都关乎生死，容不得半点迟疑。
“你以为这是小孩子过家家吗？你的天真会害死所有人！”西条凪严厉地呵斥着，回想起听说孤门一辉在救援队时，竟因恐高而动弹不得，她心中的不满愈发强烈，“就凭你这样，怎么有资格加入夜袭队与异生兽作战？”
孤门一辉默默承受着批评，汗水湿透了他的训练服，眼神中却透着一股倔强。他知道自己有不足，但他渴望成长，渴望在这个守护人类的队伍中证明自己。
结束了一天疲惫训练的孤门一辉，拖着沉重的步伐走出胜利队的大门。夜幕笼罩着城市，深邃的夜空仿佛能将人吞噬。
他心中涌起一阵迷茫，不由自主地想起了许久未见的女朋友莉子。思念如潮水般涌来，他拿出手机，拨通了那个熟悉的号码。然而，电话那头只有无尽的忙音，电话无人接听。他的心中满是失落，决定前往女朋友租住的房间寻找一丝慰藉。
就在他转身欲行之时，基地内紧急集合的警报声如尖锐的利箭划破夜空。孤门一辉的身体瞬间紧绷，作为夜袭队的一员，他深知这警报意味着什么。尽管满心不情愿，他还是毅然决然地放弃了去找女朋友的念头，转身快步回到基地。
与此同时，在城市的另一个角落，准哥正忙碌地搬运着实验设备。他是一个对危险有着敏锐感知的人，突然，一阵异样的波动传来，他心中一凛，意识到有新的异生兽出现了。来不及与一同搬运设备的林宇和莉莉博士打招呼，他匆匆放下手中的东西，骑上自己的摩托车，如离弦之箭般向着危险的源头飞驰而去。
当准哥赶到遭受袭击的工厂附近时，tLt下属夜袭队队员和记忆警探们已经先行到达。现场一片混乱，记忆警探们正在紧张地疏散附近的无关人员。准哥试图靠近，却被阻拦在外。
他心急如焚，看着工厂内隐隐散发着危险气息的建筑，深知里面的情况必定万分危急。无奈之下，他只好绕到一处偏僻的角落，凭借敏捷的身手翻过围墙，悄悄潜入了进去。
映入他眼帘的是一只体型巨大的异生兽佩德隆，而且这并非普通的佩德隆，而是一只进化过的可怕存在。它那庞大的身躯在黑暗中散发着令人胆寒的气息，进化后的它似乎拥有了更高的智慧，不再像普通异生兽那般只凭本能行事。
此时，佩德隆正与夜袭队对峙着，它狡猾地挟持了几名人质，用人质作为自己的挡箭牌，与夜袭队众人形成了僵局。
夜袭队的和仓队长面色凝重，他深知形势的棘手。队员们持枪严阵以待，却不敢轻举妄动，因为人质的生命就悬于一线。就在这紧张的时刻，耳麦中传来了参谋长吉良泽优冰冷无情的命令：“开火，为了大局着想，牺牲几个普通工人完全值得。”这道命令如同一盆冰水，瞬间浇灭了队员们心中仅存的一丝希望。他们面露难色，手中的武器仿佛有千斤重，难以执行这样残忍的指令。
孤门一辉心中涌起一股冲动，他无法眼睁睁地看着人质被牺牲。在这千钧一发之际，他瞅准机会，开枪偷袭佩德隆，精准地打断了它的两根触角。这一举动成功救下了四个人质中的两人，但佩德隆也被激怒了，它发出愤怒的咆哮，剩下的两名人质瞬间被它当场吞噬。
随后，佩德隆利用触角展开了疯狂的反击，夜袭队众人陷入了惨烈的攻击之中，队员们奋力抵抗，却难以抵挡佩德隆的凶猛攻势。
就在这危急关头，准哥挺身而出。他取出进化信赖者，光芒闪耀间，变身成了奈克赛斯奥特曼。高大而威严的银色巨人出现在战场中央，散发着强大的气息。
奈克赛斯的出现，如同一道希望之光，阻止了佩德隆对夜袭队众人的攻击。夜袭队众人在和仓队长的命令下，迅速撤出了战场，登上了战机。然而，此时吉良参谋的又一道命令传来：“立刻对银色巨人和异生兽发动无差别攻击。”这道命令让夜袭队的队员们陷入了两难的境地。他们望着战场上的奈克赛斯和佩德隆，心中充满了挣扎。
石崛光颜选择了服从命令，操控自己的战机，瞄准了奈克赛斯奥特曼发射了两枚飞弹，正在挣扎的夜袭队众人仿佛下定了决心，也向着奈克赛斯和佩德隆发射了飞弹。
只有孤门一辉一人，没有选择攻击，他通过耳麦呼叫众人：“请大家停止攻击奈克赛斯奥特曼，他是站在我们这一边，帮助我们消灭怪兽的，我们不能攻击他。”
然而，他的声音显得如此无力，夜袭队众人以服从命令为先，攻击奥特曼的命令是他们的参谋长吉良亲自下达的，长期的训练让他们无法违背上级的命令。
这突如其来的攻击，让奈克赛斯奥特曼吃了个闷亏，本来正在压制佩德隆的他也只能选择了躲闪。随后，他变身为红色青年形态，双臂交叉碰撞，手腕上的奈克赛斯武装向天空发射出一道光芒，打开了奈克赛斯奥特曼的专属领域美塔领域。
美塔领域刚一出现，便将奈克赛斯奥特曼和佩德隆笼罩在内，孤门一辉的战机也在领域合拢的一瞬间闯了进去。夜袭队其他人的战机却被隔绝在外，他们只能看着刚刚还在眼前的怪兽和奥特曼，消失在他们眼前。
美搭领域是一处亚空间，在这个空间内，可以压制吸收异生兽的力量，增加奈克赛斯奥特曼的战力，是奈克赛斯奥特曼的专属技能。
“报告，奥特曼和异生兽消失了，一同消失的还有孤门一辉队员和他的战机。”和仓队长看着消失的奥特曼和异生兽，选择了把消息上报给参谋长吉良。
看着现场传回来的数据分析资料和视频，吉良很快便得出了结论，他们并不是消失了，而是进入了一种亚空间，在里面战斗不会影响现实世界，夜袭队暂时无法突进这处亚空间。
只能等这次任务结束后利用来访者的科技对战机进行升级，升级后的战机肯定可以突进这种亚空间。所以他下达了警戒命令：“他们没有消失，进入了亚空间，战斗结束后便会重新出现，你们在附近警戒待命。”
美塔领域中，奈克赛斯奥特曼全面压制了佩德隆，正在他准备发射光线，彻底消灭佩德隆时，一发黑暗光弹却突然出现，击中了他的后背，将他打成重伤。
“是谁？难道是夜袭队？”准哥变身的奈克赛斯以为又是夜袭队，但仔细一感受，被光弹击中的地方散发出一阵阵黑暗的气息，不像是夜袭队的攻击手段。
美塔领域边缘，孤门一辉刚从眩晕状态，回过神来，却发现奈克赛斯奥特曼的身后又出现了一位新的巨人，这位新出现的巨人与奈克赛斯明显不同，他浑身上下散发着黑暗的气息，仿佛一位来自地狱的恶魔。
察觉到了身后的变化，奈克赛斯奥特曼转过身来，看到了这位新出现的黑暗巨人。他想起了林宇告诉自己的消息，异生兽身后隐藏着一位幕后黑手，他在暗中操控着一切。
“你是谁？这些异生兽到处袭击人类，难道是你在暗中操控？”想到就问，准哥毫不犹豫的问了出来。
“桀桀桀，没错！我就是这些异生兽的主人黑暗浮士德。吃惊吧，更惊喜的在后面。”黑暗浮士德发出一阵阵怪异的笑声，随机一抬手臂，将一束黑暗能量打向天空，原本金色的美塔领域在奈克赛斯奥特曼和孤门一辉震惊的眼神中，从上到下慢慢变成了黑色。