回到飞船后，三人开始研究这个封印后的晶体。林宇意外发现晶体内部似乎存在着一个智能意识。在一次实验性的探测中，这个意识与他们取得了联系。它自称是建造太空城的古老文明，残留的守护者，目的是防止晶体被邪恶势力利用。
它告知三人，其实宇宙中有许多类似的潜在威胁，都是古代战争遗留下的超级武器或危险技术。它希望三人能够组建一支专门应对这类威胁的队伍。
楚凡、欧阳婉儿和林宇相视一笑，当即决定接受这个使命。他们利用晶体的部分稳定能量，打造了特殊的通讯设备，可以接收来自宇宙各处，关于此类威胁的信号。从此，他们穿梭于各个星系之间，不仅解决危险隐患，还结识了许多志同道合的伙伴，慢慢壮大自己的队伍。而他们的名字，也渐渐传遍宇宙，成为真正意义上的宇宙守护者，每一次冒险都是向着更深远的宇宙奥秘迈进。
警报声中，他们看到能量中枢的封印装置正在溶解，晶体表面的裂纹里渗出粘稠的金色液体。扎尔的虚影在舱壁浮现，带着癫狂的笑声："；你们以为困住的是我？该醒醒了，孩子们！
"；楚凡的光剑劈开扑来的机械触须，剑刃却在金色液体中滋滋冒烟："；这是什么鬼东西？"；
"；是古文明的共生体。"；林宇扯开被腐蚀的防护服，露出腰间正在融化的晶体挂坠，"；我们在真空舱捡到的陨石...和它一模一样！"；
欧阳婉儿的镭射枪突然自动充能，枪口绽放出十二重光轮："；别碰我！这玩意在虹膜识别时说了什么？'；钥匙果然在你这里...'；"；
三人同时僵住。记忆如潮水翻涌——坠落在重生星球那晚，林宇在废墟里捡到的发光石板；欧阳婉儿总在梦里见到的螺旋星图；楚凡手臂内侧不知何时，出现的神秘图腾...
"；共生体在寄生宿主。"；扎尔的声音从四面八方传来，他的脸竟出现在每个显示屏上，"；等十二个宿主集齐，晶体就能..."；
飞船突然被抛入虫洞。剧烈的时空扭曲中，楚凡看到幻象：金字塔状的太空城漂浮在银河中心，十二柄光剑刺穿晶体，整个宇宙化作燃烧的玫瑰。
"；楚凡！"；欧阳婉儿抓住他挥向虚空的手，"；你的图腾在发光！"；
楚凡痛苦地蜷缩起来，耳边响起远古低语："；...盖亚之种..."；。他的皮肤开始龟裂，露出底下流动的水银物质。林宇疯狂敲击键盘，飞船日志突然弹出新页面：
【检测到道祖境界大圆满级，精神力波动——宿主01号已激活】
"；这不是科幻！"；欧阳婉儿的武器脱手落地，"；你们三个都是...天命所归的..."；
晶体突然发出龙吟般的震颤。十二道金色锁链从虚空浮现，将三人捆成祭品姿态。扎尔的狂笑，震得船舱簌簌落灰："；精彩！真正的戏剧性现在才开始！"；
当楚凡的意识即将被吞噬时，他看到了真相的碎片：亿万年前，古文明用黑洞炸弹终结战争，却因此自毁。晶体是宇宙意识的具象化，试图重启进化程序。而所谓的"；十二宿主"；，不过是高等文明的观察样本...
"；住手！"；林宇突然挣断锁链，他的机械义眼迸发出湛蓝光芒，"；你还没发现共生体和星舰引擎的关联吗？每次跃迁故障都是它在汲取能量！"；
欧阳婉儿的枪管亮起诡异紫光，她举起枪对准自己的太阳穴："；那就一起死吧！"；
楚凡的水银身体突然凝固，图腾裂变成莲花状印记："；等等！晶体在害怕！它说...真正的威胁是..."；
虫洞彼端传来熟悉的汽笛声。三人转头望去，重生星球的轮廓正在急速放大，十二艘挂着星辉联邦旗帜的战列舰，组成光环将他们包围。舰队指挥官的全息影像浮现在舱内，白发老者抚须长叹："；辛苦三位了，我们等了三百个地球年。"；