在解决了那颗偏远星球的危机后，主角和伙伴们继续在宇宙间巡查。没过多久，他们察觉到一股强大的能量波动从银河系中心传出。赶到现场后，只见一艘巨大无比的古老战舰横亘在那里，战舰上刻满了各种看不懂的符文。
正当他们疑惑之时，战舰舱门打开，走出一群全身包裹着金属机甲的生物。为首的那个机甲生物开口道：“你们屡次破坏伟大计划，今天便是你们的死期。”原来这些生物是远古宇宙种族的后裔，妄图重塑宇宙秩序成为主宰，之前的种种事件都是他们的布局。
主角毫无畏惧，带领伙伴们冲了上去。战斗中，主角发现这些机甲生物可以吸收并转化他们的攻击能量。于是主角灵机一动，改变战术，让伙伴们佯攻，自己则悄悄潜入战舰内部。在战舰内部，主角找到能量转换装置并将其破坏。外部的机甲生物顿时乱了阵脚，主角和伙伴们乘势一举击败了他们。经此一役，主角明白宇宙隐藏的秘密还有很多，他们必须时刻做好准备，继续守护宇宙的和平与安定。
主角和伙伴们离开银河系中心后，继续踏上巡查之旅。在航行途中，飞船的探测系统突然捕捉到一种奇特的信号，这信号不同于以往任何已知文明发出的。顺着信号源寻去，他们来到一片神秘星云之中。这里弥漫着五彩斑斓的光芒和迷雾般的物质。
当他们深入其中时，发现一座巨大的水晶建筑漂浮在星云中。建筑周围环绕着一些散发着柔和蓝光的球体。还没等他们靠近，一道光墙挡住了去路。这时，从建筑里射出一道投影，是一个看起来充满智慧的类人生物形象。它说道：“你们通过了考验，是值得信任的守护者。这座建筑里藏着关于宇宙起源的部分真相以及对抗未来未知危险的力量源泉。”主角等人怀着敬畏之心走进建筑，里面有着无数闪烁的数据光流和神秘的设备。从此，他们带着新的使命，借助这里的知识和力量，更加坚定地守护宇宙。在探索水晶建筑内的奥秘许久之后，主角和伙伴们逐渐掌握了其中一部分知识与力量的运用方法。然而，就在他们准备离开之际，建筑内突然响起一阵警报声。
原来是之前被打败的远古宇宙种族后裔留下了后手，他们暗中启动了一个自毁程序，企图摧毁这座蕴含宇宙机密的建筑并且消灭主角一行人。
主角冷静下来，凭借着刚刚获取的新知识，迅速找到了控制自毁程序的核心枢纽。但要解除程序必须同时输入一组复杂而特殊的密码，这组密码分散在建筑各个角落的神秘设备当中。
伙伴们立刻分工合作，争分夺秒地寻找密码碎片。在最后一刻，主角成功将所有密码碎片组合起来，解除了自毁程序。
经历这场惊险后，主角深知保护宇宙的道路布满荆棘。他们带着从建筑中得到的一切，重新登上飞船，朝着浩瀚宇宙更深处进发，随时准备应对下一个威胁宇宙和平与安宁的挑战。他们在宇宙中继续前行，不久便发现一颗蓝色的星球，星球周围散发着祥和的气息。主角决定前去探查一番。降落到星球表面后，他们发现这里的生物类似地球上的精灵族，身形纤细，耳朵尖尖，而且都拥有操控自然之力的能力。
这些精灵族热情欢迎主角一行人的到来，并告知他们这个星球即将面临一场可怕的黑暗风暴侵袭。主角等人决定留下来帮忙。他们利用从水晶建筑中学到的知识，结合精灵族的自然之力，开始构建防御工事。
可是随着黑暗风暴临近，众人发现这股风暴背后有一双无形的大手在操纵，竟然又是远古宇宙种族后裔的阴谋。他们想要利用黑暗风暴毁灭这个美丽的星球以报复主角他们。
主角等人没有丝毫退缩，他们鼓舞精灵族一起奋战。主角凭借新获得的力量，冲入风暴中心，经过一番苦战，终于找到幕后黑手并将其击败。
黑暗风暴消散，星球恢复平静。主角和伙伴们告别精灵族，再次飞向宇宙深处，继续他们守护宇宙的征程。他们的飞船穿梭于星辰之间，突然遭遇了强烈的空间扭曲现象。飞船被卷入其中，一阵天旋地转之后，出现在一个完全陌生的星系。这里的恒星闪耀着奇异的紫光，行星的轨道杂乱无章。
正疑惑时，他们发现周围有许多巨大的机械生物正在拆解星球，汲取资源。这些机械生物并非之前遇到的种族。它们察觉到主角一行人的到来，纷纷停止工作，向主角他们围拢过来。
主角率先发起沟通，表示并无恶意。然而这些机械生物却认为主角等人是抢夺资源的敌人，不由分说就发动攻击。主角无奈之下只能应战，他发现这些机械生物的攻击方式很独特，是利用磁场操控金属碎片攻击。
伙伴们施展各自能力抵御，主角则尝试用刚学到的力量影响机械生物的控制系统。经过激烈战斗，主角终于入侵成功，使部分机械生物停止攻击。其他机械生物见状犹豫起来，主角趁机表明来意，希望共同探讨和谐共处之道。最终双方达成共识，主角等人也从这些机械生物处得知更多宇宙秘闻，随后继续踏上守护宇宙之旅。
在继续旅程中，他们接收到来自遥远星系的求救信号。到达目的地后，发现一颗星球被黑色黏液状物质覆盖，上面的生物痛苦挣扎。主角团队展开调查，发现这是一种邪恶的共生体生物，专门寄生吞噬星球上的生命能量。主角利用在水晶建筑中获取的知识研究对策，伙伴们负责救助被困生物。主角发现这种共生体怕高温和特定频率的震动。于是他们制造出产生高频震动和高温的武器，投入战斗。战斗异常艰难，共生体不断融合进化试图抵抗。关键时刻，主角激发自身潜在力量，将武器威力提升数倍，一举清除大部分共生体。剩余的共生体逃窜，主角等人紧追不舍。追到一处黑洞边缘，共生体竟想跃入黑洞逃生。主角果断出手，联合伙伴之力将共生体彻底消灭。拯救完这个星球后，他们再次启航，心中对守护宇宙的信念更加坚定，知道无论前方有多少未知危险，他们都会勇往直前。