在成功抵御黑暗势力对古老文明遗迹的觊觎，并获取珍贵技术与知识后，宇宙联盟迎来了一段飞速发展的黄金时期。凭借从遗迹中解析出的能量水晶运用技术，联盟的科研实力实现了质的飞跃。
在宇宙联盟总部的科研基地，巨大的实验室内灯火通明。艾丽娅和来自各个文明的顶尖科学家们围绕着能量水晶与新型能量护盾装置，进行着更为深入的调试与优化。“按照遗迹中的数据，我们应该能够进一步提升能量护盾的能量转化效率。”艾丽娅一边操作着仪器，一边对身旁的晶体文明科学家说道。经过无数次的参数调整与实验，新型能量护盾终于完成了最终测试。当强大的模拟能量束冲击在护盾上时，护盾不仅轻松抵御，还将部分能量转化为自身的能源储备，引得实验室里一片欢呼。
与此同时，宇宙联盟的军事建设也在紧锣密鼓地进行。利用新的能量技术，联盟舰队的飞船得到了全面升级。新型引擎让飞船的速度提升了数倍，更强大的能量武器使得每一艘战舰都具备了更强的战斗力。王建军亲自参与了舰队的整训工作，他带领着战士们进行高强度的模拟战斗训练，从战术配合到单兵作战技巧，每一个环节都严格要求。“我们必须时刻保持警惕，黑暗势力绝不会善罢甘休。”王建军在一次训练动员中严肃地说道。
随着联盟实力的不断增强，其在宇宙中的影响力也日益扩大。越来越多的星系文明主动申请加入宇宙联盟，寻求庇护与合作。联盟专门成立了对外联络部门，负责与新加入的文明进行沟通与协调。在联盟总部的会议大厅，一场场不同文明间的交流会议频繁举行，大家共同探讨着宇宙的奥秘、资源的共享以及如何携手应对未知的威胁。
然而，在这一片繁荣发展的背后，暗流却在悄然涌动。黑暗势力在遭受上次的重创后，并没有销声匿迹，而是隐藏在宇宙的黑暗角落，秘密积蓄着力量。他们的首领，那个神秘而邪恶的存在，正谋划着一场更为可怕的阴谋。
在遥远的一个废弃星系，黑暗势力的秘密基地内，一群科学家正围绕着一个巨大的能量装置忙碌着。这个装置与之前被王建军等人摧毁的超级武器有着相似之处，但却更为复杂和强大。“按照我们的计划，只要再收集足够的能量，就能启动这个终极武器，到时候，宇宙联盟将在我们的掌控之中。”黑暗势力的首席科学家冷笑着说道。
与此同时，黑暗势力还在暗中派遣间谍，渗透进宇宙联盟内部。这些间谍伪装成普通的星际商人或科研人员，试图窃取联盟的最新技术与情报。在联盟总部的一次科研成果展示会上，一名伪装成参观者的黑暗势力间谍，正悄悄地用隐藏的设备记录着新型能量护盾的技术参数。幸运的是，他的异常举动被联盟的安保人员察觉。经过一番激烈的追捕，安保人员成功将间谍抓获，并从他身上搜出了关键的情报。
王建军得知此事后，意识到问题的严重性。他立即召开紧急会议，商讨应对策略。“黑暗势力已经开始行动了，我们必须加强内部的安保措施，同时加快对黑暗势力秘密基地的侦查。”王建军说道。联盟迅速加强了对各个重要设施的安保力量，对所有进入联盟总部的人员和物资进行严格审查。同时，情报部门也加大了对黑暗势力的侦查力度，派出了多支侦察小队，在宇宙中搜寻黑暗势力的踪迹。
在一次侦查任务中，一支侦察小队在一个偏远的星系发现了黑暗势力的可疑活动迹象。他们小心翼翼地靠近，利用先进的隐形技术，成功避开了敌人的巡逻飞船。经过一番侦查，他们确定了黑暗势力秘密基地的位置，并将这个重要情报传回了联盟总部。
王建军得知消息后，立即制定了详细的作战计划。他带领着一支精锐的舰队，朝着黑暗势力的秘密基地进发。一路上，舰队保持着高度的警惕，随时准备应对敌人的袭击。当舰队抵达黑暗势力秘密基地所在的星系时，一场惊心动魄的战斗即将爆发。
黑暗势力的基地周围部署了大量的防御武器和战斗飞船，形成了一道坚固的防线。王建军指挥舰队，利用新型能量护盾的优势，冲破了敌人的第一道防线。双方随即展开了激烈的交火，太空中火光冲天，爆炸声震耳欲聋。
在战斗中，王建军发现黑暗势力的防御系统存在一个弱点。他果断命令舰队集中火力，攻击这个弱点。经过一番激烈的战斗，终于成功突破了敌人的防御，摧毁了黑暗势力的秘密基地。然而，当他们进入基地内部时，却发现黑暗势力的首领已经提前逃离，而那个可怕的终极武器也不见踪影。
虽然没有彻底消灭黑暗势力，但这次行动还是给了他们沉重的打击。王建军和宇宙联盟的成员们知道，这场宇宙间的正邪较量还远未结束。他们带着从基地中获取的情报，回到了联盟总部，准备迎接下一轮的挑战，继续为守护宇宙的和平与正义而战，在不断的斗争与探索中，宇宙联盟的未来充满了未知与希望，而王建军和他的伙伴们，将始终站在最前线，书写着属于他们的传奇。