其实此时的哲别与速不台也在观望，一旦发现摩诃末要集结重兵迎战他们就立刻停止追击，因为在他们出发时铁木真就曾下过密令：“若遇重兵，则勿与战，以待大军之至；如对方不战而逃，则穷追不舍，务必擒杀；路过的城市里，降者免之，拒者破之“。
但摩诃末却彻底放弃了他的国土和臣民，继续逃跑，哲别二人挥军追杀，降巴里黑城，屠匝哇城，最后攻占你沙不儿城。
在你沙不儿城，哲别与速不台嫌一起行动速度慢，于是二人兵分两路开始继续追杀摩诃末。
摩诃末此时仿若脱黑脱阿附体，一路火花带闪电地飞奔。
他跑了多远呢？
我就按照现在的地理给大家讲一下吧，他横穿了整个伊朗，然后又进入伊拉克，抵达了伊拉克首都巴格达之后又向北继续逃跑，经土耳其进入亚美尼亚，最后又逃到阿塞拜疆境内，但在哲别如影随形的的追杀下他再也没法跑了，于是坐船跑到了里海中央一个名为“额别思宽”的小岛上，这才躲开了蒙古大军的追杀。
但摩诃末也没平静几天，在这堪称史诗般的逃跑旅途中，他的身体也每况日下，躲在岛上没几天就病死了，临死之前将皇位传给了太子扎阑丁。
顺便提一句，额别思宽岛现在已经沉没了，摩诃末完成了脱黑脱阿都没完成的壮举，真正做到了泯然于世、尸骨无存。
杀害蒙古使团的两个主谋都已经伏法了，铁木真也狠狠地出了一口恶气，但他现在却丝毫没有了撤军的想法，反而是想要征服这片土地的想法变得更加浓烈了。
富饶的花剌子模带给铁木真的，绝不只是人口与财富，而是让他开阔了见识，那白皮肤蓝眼睛的西域人原来与蒙古人、金人还有汉人一样，都是可以臣服于自己的，而自己秉承着长生天的意志称“成吉思汗”，就有必要收下他们的膝盖。
在这种想法的驱使下，铁木真下令让察合台与窝阔台率军十万北上，与从毡的方向赶来的术赤会合，进攻花剌子模的旧都——玉龙杰赤，而后他带着幼子拖雷开始扫荡花剌子模的其余城市。
此时的玉龙杰赤，已经陷入了一团混乱之中，当摩诃末死后，扎阑丁便带着他的两个弟弟率领七十名骑兵回到了这里并宣布继位成为新的苏丹，同时在毡的城逃回来的狠人——帖木儿灭里也抵达了这里，但城中的守将却担心扎阑丁登基之后会对自己不利，于是便密谋刺杀掉扎阑丁，然后拥立自己人即位。
不过他们的保密工作明显做的不太好，扎阑丁马上就收到了消息，可是自己的实力根本不足以抵挡，无奈只好带着随身的侍卫逃出城外，帖木儿灭里听闻之后，急忙率所部的三百骑兵追随而去，二人会合后仅用16天便穿越了西部的沙漠，抵达纳撒城外。
不巧的是，这里已经有一支七百人的蒙古骑兵住宅防御了，但扎阑丁却没有像他的父亲一样懦弱，反而带头率军猛冲，这支蒙古骑兵不清楚他们的情况，没有恋战，朝你沙不儿城撤退，二人这才率军进入纳撒城内，准备在这里招兵买马，继续对抗蒙古大军。
虽然扎阑丁暂时站稳了脚跟，可他的两个弟弟却没有这么好的命运了，因为扎阑丁走的匆忙，只是派人通知了两个弟弟他的去向，并没有直接带上他们。
在得知消息后他的两个弟弟匆忙率亲卫追随而来，可却在路上碰见了这支刚刚被扎阑丁打败的蒙古骑兵，这些人正愁无处发泄呢，这哥俩正好撞到了枪口上，二人及随身亲卫尽皆被杀。
至此，扎阑丁所有的亲人全部死光。
当一个人再也没有任何顾忌的时候，他还有什么好畏惧的呢？
在扎阑丁的眼里，蒙古人就是一群闯入他家园的侵略者，是他的痛苦之源，为了复仇，他将穷尽自己毕生的精力！
蒙古人，我会让你们付出代价的！
但扎阑丁眼中的怒火此时却对蒙古人毫无作用，因为术赤和他的两个弟弟已经兵临玉龙杰赤城下了。
这时的玉龙杰赤城中已经重立了新的苏丹，在摩诃末的三个儿子死的死、逃的逃之后，他们立了秃儿罕太后的亲属忽马儿的斤为代理苏丹，也被称为“诺鲁思王”。（一日之王）
各位应该都还记得，秃儿罕太后就是摩诃末的母亲，也是花剌子模王国的实际掌控人之一，也正是因为她对于海尔汗的袒护，才让花剌子模遭此大难。
但蒙古人对花剌子模内部的争权夺利丝毫不感兴趣，他们在乎的只是这座城池里的人是否会向他们献上膝盖罢了。
在开战之前，作为全军主帅的术赤又开始了他的骚操作，他持之以恒地向城内派出了使者，并且向城内传达了一个消息，“成吉思汗已经把花剌子模的国土都封给了他的大儿子术赤，所以术赤希望完整地保留这座首都来作为他的新家园。”
你听听这说的是人话么？我爸把你们的家园封给了我，所以我现在需要你们从自己家里滚出去，我好住进来。
就算不从血统的角度出发，就术赤这个智商，铁木真不选他当继承人也是有道理的。
面对这种脑残的要求，玉龙杰赤人民自然没有答应，并将他的使者大卸八块。
于是，战争开始了。
蒙古大军发挥了他们在战争器械方面的优势，而且因为巨石不易运输的缘故，他们就地取材用被水浸泡过的桑木当作炮石向城内疯狂抛射，而且还驱赶着大批的奴隶去填平城外的壕沟，同时还去截断城中的水源，企图用断水的方式逼迫城内的守军投降。
但他们的进攻遭到了守军的顽强抵抗，仅仅几天的时间就有三千人战死，伤者不计其数，城中的守军见状更是士气高涨，抵抗变得越发顽强。
整整七个月，蒙古大军未得存进，这并不是因为他们的战斗力不够强，而是因为术赤和察合台这哥俩又掐起来了，两个人经常发出相悖的指令，导致大军进攻之时掣肘颇多。
知道这个消息后的铁木真大怒，派了一名使者带着他的旨意亲自前往玉龙杰赤外的蒙古大营，撤掉了术赤与察合台的统帅位置，让窝阔台来担任主帅。
窝阔台接任之后先是将术赤和察合台的矛盾缓和，而后又犒赏三军，提高了将士们的士气，最后则是成立了一支执法队，让他们开始规范军纪。
在多重措施之下，蒙古大军再次焕发了悍勇之势，仅一次冲锋便登上了城头，而后开始不断地向城内推进；但玉龙杰赤城内的守军和百姓也没有放弃抵抗，他们与蒙古大军展开了惨烈的巷战。
在巷战中，蒙古大军第一次用上了喷火器，将每一个路过的建筑都付之一炬，而后一条街接着一条街的扫荡，经过了七天的苦战，终于将城中的所有抵抗势力全部杀光。
在占领了玉龙杰赤之后，窝阔台下令将全城的人都赶到城外的空地上，在其中择取了十万工匠押回草原，其余的人尽皆屠杀殆尽，据不完全统计，有将近一百二十万人死于这次屠杀之下。
做完这些之后窝阔台还不解恨，又下令引阿姆河中的河水入城，将整座城市市化为一片泽国。
花剌子模的土地，至此尽为蒙古国土。
在攻占玉龙杰赤之后，察合台与窝阔台二人便带大军去与铁木真会合，术赤却没有得到召回的命令，反而被通知要他去封地中驻守；于是术赤便率军北上，前往锡尔河以北的辎重营地驻扎。
望着大军远去的背影，坐在马背上的术赤第一次感觉到了孤独，他知道，自己再也回不去家乡了。
此时的铁木真体会不到术赤的心绪，他现在更想做的是将花剌子模的余孽全部剿灭。
因为此时的扎阑丁与帖木儿灭里两人已经在哥疾宁城聚拢了八万士兵，并暗中联络已被蒙古军占领的诸多城市，准备开始反攻。
收到消息后，铁木真第一时间便准备御驾亲征，亲自荡平这花剌子模的最后一股抵抗势力，但随军而来的大断事官失吉忽秃忽却主动要求领兵前去；因为失吉忽秃忽平时品行端正，而且还非常自律，铁木真觉得可以锻炼一下他的作战能力，于是调派了三万蒙古骑兵给他，让他去剿灭扎阑丁。
但铁木真却忘了一件事，一个人的品格和能力是不成正比的，失吉忽秃忽当断事官没有问题，但领兵作战不同于处理官司，需要的不仅仅是刚正不阿。
在八鲁湾地区，失吉忽秃忽率领的三万骑兵遭遇了严阵以待的扎阑丁大军，眼见着花剌子模的军队远多于自己，失吉忽秃忽急忙下令让士兵们连夜扎假人放置于随行的战马之上，用来迷惑敌军；不过他没注意的是八鲁湾的地形。
第二天清早，不明情况的花剌子模大军见到一夜之间蒙古人竟然又多了这么多，以为是蒙古大军的主力到来，一部分人心生畏惧想要撤退，但扎阑丁明白，一旦撤退花剌子模将彻底无可救药，于是便抽刀出鞘，大声呼喊着振奋士气，而且还主动发起进攻。
蒙古大军自然不甘示弱，正面朝着扎阑丁的军队杀去，但此时地形的限制作用就显现出来了，因为峡谷的宽度不够长，蒙古骑兵没法像往常一样以骑射之术消耗敌军，只能挥舞着马刀与花剌子模士兵正面交战，在死亡的面前，花剌子模士兵也爆发了强大的战斗力，与蒙古士兵的对砍中丝毫不落下风，做到了一命换一命。
在这种消耗战术之下，蒙古大军的伤亡骤增，失吉忽秃忽急忙下令全军后撤，但峡谷的出口狭小，无法让大军快速通过，扎阑丁还在峡谷两侧布置了大批的弓箭手；在前有堵截后有追兵的情况下，三万蒙古大军全军覆没，仅有几名亲卫保护着失吉忽秃忽逃了出来。
此一役使得花剌子模军队士气大振，也极大地鼓舞了各地反抗军民，让他们认识到蒙古军队并不是战无不胜的，也让他们对于推翻蒙古统治的想法越加强烈。
但打了胜仗的扎阑丁此刻却根本高兴不起来，正所谓可以共患难不可以同富贵，在此战过后他手下最重要的两个将领便因抢夺战利品而爆发了内讧，其中一人愤怒之下主动率军离开，扎阑丁的队伍眨眼之间便支离破碎，只好又退回了哥疾宁城驻守。
在听闻到大军惨败消息之后的铁木真也是大为震怒，但他却没有处罚失吉忽秃忽，反而将罪恶都归咎于自己的身上，并亲率大军朝哥疾宁进发。
在途经范延堡时（今阿富汗喀布尔西南），察合台的嫡长子木阿秃干不幸中箭而亡，铁木真平素最喜爱这个孙子，见到他的尸体后怒不可遏，下令全军昼夜轮番强攻，并在城破之后将城中人畜禽兽全部杀绝，不赦一人，不留一物，又将整座城池用投石机砸平，砖石瓦砾尽皆夷为平地。
在做完这一切之后，铁木真继续率军南下追击扎阑丁，途中路过八鲁湾，铁木真亲自勘察了这里的地形并总结了失败的经验，命令全军以此为戒，不得滋生骄傲与轻视之意。
扎阑丁听说蒙古大军主力来袭，自知不敌，于是便弃城而逃，撤退至申河旁边布防。（今印度河）
待蒙古前锋赶到后，双方在河岸发生激烈交战，扎阑丁没能再延续八鲁湾的辉煌，全军覆没。
他自己只身跳入河中游到了对岸，并在对岸收集了残部四千余人，而后进入印度境内。铁木真见状没有停下脚步，命大将八剌率军两万进入印度继续追击，窝阔台所部则顺河而下，将哥疾宁夷为平地，自己则带主力回师八鲁湾避暑。
不是铁木真懒，是花剌子模的地形决定了夏天实在是不适合作战。
因为花剌子模的国土地处中亚，沙漠居多，夏季温度最高接近50度，在这种天气下，士兵们披着厚厚的盔甲无异于将自己放进大蒸笼里，不等作战就先热死了，所以铁木真在征伐花剌子模的过程中都是赶在夏季之外。
而且除此之外，刚刚占领的花剌子模诸城也不太安定，因为不满于蒙古人的统治，许多城池都发生了暴动与骚乱，铁木真也能趁着这个时间安定一下后方。
当然，最主要的是，铁木真要在这里会见一个人。
一个很重要的人。