在甘宁军带着人去了德国之后，从另一条渠道招募来的新兵也陆续到达了。为了给袁德良安排点事情做，凌天翔让他担任了齐建军的副手，另外换回来休整的肖遥等队员也加入了教官团队。具体负责培训的是齐建军，这也算是他担任军团教导司令官的第一份工作。
齐建军做的第一件事情就是重新规划了军团的训练制度。600余名新兵被分成了12个班，每个班50人出头，由一名教官直接负责，并且由教官督导普通的体能训练。更进一步的训练则是由各个班交叉进行，在完成了第一期2个月的基础训练之后，12个班的新兵将按照能力，以及在战斗中的任务分成了狙击手、侦察兵、机枪手、突击手这四大类，按照四大类来重新组建训练团队，进行专项能力训练。当然，并不是一个新兵只掌握一种战斗技巧，按照凌天翔提出的要求，每一名新兵至少应该具备两个方面的战斗能力，同时最优秀的一批将被挑选出来接受第三期的强化训练，即完全按照特种兵的要求进行的能力提高训练。
前两个阶段的训练时间为四个月，这时候大部分的新兵都具备了战斗力，可以编入作战部队，如果到时候伊朗战争还没有结束的话，或者是军团介入了伊拉克内战的话，那么就将被轮番派遣到前线作战部队，由顾卫民安排参战。被筛选出来的一批新兵将接受第三期两个月的强化训练，到时候将基本上达到特种兵的战斗能力。在凌天翔的计划中，这批人员才是军团的主力部队。
随着军团规模扩大，加上一些人事上的变动，凌天翔对军团的编制也做了调整，准确的说，是在原有基础上，重新为军团制定了新的编制体系。
三支战斗部队的编制仍然没有变，不过却都升级为大队。之前直接由凌天翔指挥的小队撤销，他与袁德良直接指挥军团的第1大队，顾卫民为第2大队大队长，甘宁军为第3大队大队长。
三支大队的人数并不一样，其中由凌天翔直接指挥的第1大队有220人，除了平时与凌天翔一起行动的小队之外，另外210人编成了三个中队，分别任命了一名中队长。每个中队里有一个由中队长直接指挥的小队，另外六支小队分成了两个战斗群，每个战斗群有三支小队，而这三个小队的成员都来自同一个国家，这样在作战时才好相互配合。顾卫民的第2大队有210人，顾卫民直接指挥一个中队作战。甘宁军的第3大队也只有210人，编制与顾卫民的大队一样。
三个大队都有独立的战斗能力，为了避免信奉不同宗教、不同民族的队员之间发生冲突，军团里最基本的战斗单位，也就是小队里的队员都来自同一个民族。另外，在执行作战任务的时候，一般出动一个战斗群，也就是3个小队，而这3个小队也要尽量保证是由同一个民族的队员组成的。另外，每个大队里都有一支核心部队，一般都是由大队长直接指挥的一支特种小分队，队员全都是军团最初的成员，这也是大队里战斗力最强的一支小队。
新编制的最大好处就是，军团拥有了同时执行多个任务的能力，而且三个大队可以轮换休整。比如，现在就主要由顾卫民的第2大队在伊朗执行训练任务，随着越来越多的队员完成了培训，连豫泯也开始与伊朗洽谈承包作战任务的合同。那么，在第2大队完成了三个月左右的作战行动之后，可以由第1大队，或者是第3大队将其替换下来，这样就可以让第2大队的队员得到休整的机会，同时让另外两个大队的队员有机会到战场上去获取实战经验，提高自身的作战能力。
如果军团同时承担的任务很多的话，那么三个大队可以全体出动。一个大队210人的规模并不算小，相当于两个步兵连了，而其战斗力肯定要比普通的步兵强得多，特别是在特殊环境下的作战能力更要高出不少，完全可以应付局部地区的小规模冲突。这样，军团就可以承担更多的业务，并且迅速扩大影响力。
除了三支大队之外，凌天翔还专门成立了一个教导后勤大队，由齐建军担任大队长。这支部队的任务就是负责培训军团新招募的兵员，并且为其他大队提供支持。担任该大队副大队长的是李景风，他的任务就是为军团里的每一名队员提供合适的武器装备。
李景风还专门提出了一点，那就是军团成员要修改武器的话，必须要支付一定的费用，军团只负责提供最普通的制式武器，毕竟用来改枪支的器械是花了不少钱购买的，而且军团本身采用了雇佣制，大部分雇佣兵都有自己的私人装备，如果每个人都免费改枪的话，那肯定是一笔不小的支出。凌天翔答应了他的这个要求，而李景风只收取劳务费，大部分收入都将上缴军团。
教导后勤大队一共只有15名常备队员，其中12人是教官，剩下的3个是负责为军团提供武器装备的。连豫泯也安排了一批非战斗人员协助该大队负责后勤采购。军团的日常弹药消耗相当惊人。在训练全面展开之后，仅每天消耗的子弹就超过了2万发，随后在提高训练阶段的时候，每天不用掉5万发子弹几乎是不可能的事情。除了子弹之外，枪支、单兵作战装备、手榴弹，甚至是火箭弹的消耗都相当惊人，这些都需要进行统筹安排，还得落实到具体的负责人身上。
训练是同时展开的，凌天翔并不是正式的教官，他只偶尔去看看热闹，用袁德良的话来说，就是去耽搁时间、去添麻烦。相对而言，这次从三个地方招募的新兵素质都不差，而且都各有特色。塞黑军人的体力是最好的，同时纪律性相当严明，平时都是一起活动，且很少参加娱乐活动，仿佛训练就是他们生活中唯一的乐趣。伊拉克人的耐力是最好的，但性格最为内向，其宗教信仰也极为独特，50多个伊拉克人甚至搞了个帐篷清真寺，每天都会在早晚做祷告。从共和国来的军人在训练场上最为灵活，也最为开放，与教官的关系也搞得最好，同时最喜欢在训练之余组织各种各样的娱乐活动。这大概是教官特别安排的，通过各种各样的娱乐活动，才能够迅速拉近不同肤色、不同民族，不同信仰的军人之间的关系。
训练中，时间过得很快，大部分队员都有着坚实的基础，毕竟他们都是真正的战士。袁德良也找到了该做的事情，作为最优秀的格斗教官，他大概也是最受到尊重的教官之一。凌天翔也偶尔会去教一些想成为狙击手，或者特种兵的队员如何熟悉枪械，如何使用枪械，以及如何在复杂的情况下射中数百米外的目标。因为岛上的条件相当简陋，所以对狙击手的训练并不是很有利，很多训练科目，比如高原隐蔽，丛林求生这些都无法在岛上进行。
大部分时候，凌天翔都在处理一些必须要由他自己来处理的事情，比如制定军团成员新的薪酬细则。以前这件事是由李明翰帮他完成的，可是现在李明翰根本就没有到岛上来，而且也很少与他联系，连豫泯又一直在外面“跑业务”，也就只能由凌天翔自己来处理了。另外，还得协调顾卫民那边的作战行动，在训练进行了一个月之后，一批由最优秀的20名塞黑族军人组成的队伍被派到了伊朗去，将顾卫民的小队换了回来，而顾卫民仍然留在伊朗。
在第一期训练结束的时候，大部分队员都通过了考核，成为了军团的准正式成员。按照凌天翔定下的规矩，只有完成了两个阶段的训练，并且通过了考核的队员才会成为军团的正式成员，并且享受到军团内一视同仁的待遇。
军团待遇是个比较复杂的问题。经过了反复计算之后，凌天翔发现如果按照之前的薪酬水平来发工资的话，那么军团每个月要支出上千万的薪水，这显然是无法承受的。因此，凌天翔根据连豫泯的建议，针对新加入军团的队员，制定了新的薪酬体系。
军团官兵的保底收入大为降低，在不执行任务的情况下，普通成员的年薪只有大概2万美元左右。这并不算高，甚至是很低的。而真正能赚大钱的，还是得去执行各种各样的任务。凌天翔仿照了美军的津贴体制，设置了二十多种津贴。
按照最普遍的情况计算，如果队员参加作战行动的话，日薪将达到1000美元以上，而一支大队在战区内的部署时间一般是3个月，也就是说，3个月下来，平均每人能够赚到10万美元左右。如果执行的是训练任务，日薪也在500美元左右，如果执行为期半年的训练任务，也能赚到10万美元。
相对于底薪，战斗津贴与训练津贴有着明显的诱惑力，这对提高军团官兵的积极性有着明显的好处。除此之外，凌天翔沿用了奖励制度。如果战绩突出的话，也许一场战斗下来，就能赚到好几万美元了。
除了制定津贴体系之外，凌天翔还仿照正规军的方式，制定了军团的军衔体制。军团不设将领，上校为最高级别的军官，大队长都为上校，副大队长为中校，中队长为少校，副中队长为上尉，小队长为中尉，副小队长为少尉。另外，普通队员分成了三个级别，不同级别官兵的底薪不一样，但是差别不是很大，主要还是在军团内地位的差别很大。同时，在执行作战任务与训练任务的时候，不同级别官兵之间的津贴差别也不是很大，主要的差别就是在战场上的指挥权。
设置军衔体系，也是为了确保军团的指挥权，同时培养军团内的团队精神。另外，军衔体系与奖励制度直接挂钩，因此也直接关系到了每名队员的福利待遇。这套体系的最大好处就是激励有能力的队员在战场上做出更好的表现，从而确定自己在军团内的地位，以及更多的个人利益。
为了给新加入的队员提供更多的机会，大部分小队的小队长位置都是空着的，另外副中队长的位置也是空着的。在训练结束之后，将直接根据新兵的考核成绩临时安排，然后接受至少半年的实战考验，在最终确定这些位置的人员。
在完成了第二阶段的培训之后，有40名队员被凌天翔挑选了出来，他们将接受第三阶段的强化训练。这时候，凌天翔成立了一支个由袁德良直接指挥与领导的特种作战中队，而该中队就是由这40名将接受特种作战训练的队员组成的。这算是凌天翔给自己与袁德良搞的特权。这40名队员在完成了第三阶段的训练之后，都能够达到一般特种兵的水平，而特种中队的战斗力也肯定是军团各中队中最强大的。
凌天翔亲自担任了这批队员的狙击手教官，本来当时是安排肖遥来担任狙击手教官的，但是在第三期训练开始之前，肖遥返回伊朗，把萧庆国替换了回来。袁德良担任了这些队员的格斗与战术作战教官。两人都清楚，这支中队将是他们的基础力量，也是今后与他们一起作战的部队，所以，他们就得从培训着手，加强与队员的感情。
在训练中，时间过得非常快，而且施工队已经建好了部分娱乐设施，包括一个小酒吧、一个KtV舞厅、录像电影厅、桑拿浴房等等，队员们在训练之余有了放松的地方，除了岛上没有几个女人之外，几乎都完美了。当凌天翔从训练中回过神来的时候，他才发现，回到岛上已经快5个月了。